Francisco de Bobadilla è uno sconosciuto comandante dell'ordine di Calatrava, di cui era Gran Maestro Ferdinando d’Aragona, che giocò un ruolo centrale nella conquista e nella colonizzazione del Nuovo Mondo sotto gli ordini dei Re Cattolici, che lo mandarono a Santo Domingo per indagare sui fratelli Colombo sull'isola di Hispaniola, l’attuale Haiti e Repubblica Dominicana.
Nel settembre del 1500, Cristoforo Colombo si incontrò con Francisco de Bobadilla. Il giudice ordinò, sicuramente per volontà dei reali, che fosse incatenato colui che era stato ammiraglio e viceré delle Indie. In prigione incontrò i suoi fratelli Diego e Bartolomé. Furono mandati in Spagna per essere processati. Quando Colombo arrivò nella penisola iberica fu liberato ma non avrebbe mai recuperato il suo prestigio e le sue cariche sulle nuove terre. Non si sa dove e quando nacque Francisco de Bobadilla: la prima volta che appare nei documenti è nel 1480 come comandante dell'Ordine di Calatrava nella città di Auñón, Guadalajara. Sembra che non abbia conquistato le simpatie della popolazione poiché questa "è insorta contro di lui per i suoi soprusi, cercando di ucciderlo.” Questo per dimostrare che stinco di santo fosse e perché fu scelto, sicuramente da Ferdinando Bobadilla partì con due caravelle, seguito da centinaia di uomini, diversi frati e quattordici indiani, che erano stati mandati come schiavi in Spagna per poi essere riportati nella loro terra. Quando arrivò a Santo Domingo, nell'agosto del 1500, si schierò naturalmente dalla parte degli ammutinati spagnoli. Iniziò quindi le indagini contro lo scopritore, raccogliendo un lungo elenco di accuse, vere e immaginarie. Una volta arrivati in città, i Colombo furono incatenati, imprigionati e immediatamente inviati in Spagna. In questo periodo, Bobadilla governò Hispaniola, colonizzando e occupando nuove terre che distribuì tra i coloni. Per soddisfarli, permise loro di utilizzare gli indigeni per svolgere lavori forzati nelle poche miniere d'oro che esistevano sull'isola. Successivamente lo scopritore del Nuovo Mondo, inviato nuovamente in America date le sue capacità di conoscenze ignorate dai più, presagì l'arrivo di un'enorme tempesta e chiese di riparare nel porto. Il che gli fu negato, contro la legge del mare, in un ultimo atto di disprezzo, costringendolo a cercare un rifugio di fortuna. Bobadilla ignorò l'avvertimento di Colombo e intraprese ugualmente il viaggio previsto per tornare a sua volta in Spagna. Quando puntualmente, come presagito da Colombo, uno spaventoso uragano sorprese la flotta. Le navi lottarono disperatamente per vincere gli elementi, ma furono inghiottite dalle acque. Di Bobadilla e della sua flotta non si seppe più nulla. Le cronache narrano che si salvò solo un’imbarcazione con l’oro che spettava a Colombo.
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